動畫以被神秘的外星人德拉克特毀滅了幾乎所有人類的地球為舞臺展開。過去人類為了躲避外星人而藏身的避難所伊克西亞，毀滅之日的記憶被抹去的居民們什么都不知道地過著普通的生活。但是住民中也有一部分的“被選中的人”們，駕駛著名為羅格的巨大機器人與外星人戰(zhàn)斗著……

　　1～4：香港九龍財寶殺人事件
　　5：速水玲香與不速之客
　　6～9：煉金術殺人事件
　　10～14：獄門塾殺人事件
　　15～16：高空一萬米的殺人
　　17：露營場怪事件
　　18：跳水池的惡靈
　　19～22：劍持警部的殺人
　　23～25：游戲館殺人事件

位于東京西部的巨大“學園都市”。在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發(fā)的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當麻，也是住在學園都市的學生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關聯的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關系也逐步擴展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應魔法方一般，科學方的學園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現。那些通過與上條有所關聯，而使命運大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當麻做過的那樣?？茖W與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進?。?/p>

『被霸凌的孩子』南云始與同班同學一起被召喚至異世界。雖然同學們接連顯現戰(zhàn)斗取向的特殊能力，但始卻只擁有煉成師這種平凡的能力。而且在異世界仍為最弱的他，竟被某位同學惡意推落了迷宮深淵──??？

　　在平常人看不見的空間“護星界”中，居住著一群擁有超能力“護星之力”的“護星天使”，他們遵守著“自己的力量是用于保衛(wèi)母星地球和人類”這一信條，每當地球陷入危機時，他們便挺身而出。
　　但在某天，護星天使用于往返“護星界”和“地上界”的工具“天之塔”被宇宙虐滅集團ウォースター破壞，護星天使因此無法前往地球。在ウォースター入侵的陰影下，地球危機一觸即發(fā)……
　　幸好在天之塔被破壞前，有五個年輕的護星天使偶然造訪地上界。為了保衛(wèi)地球，停留在地上界的五人組成了“天裝戰(zhàn)隊護星者”。