第二集中，尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷于昏迷，思想卻被困在介于“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況，在守護天使的帶領下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇，經過一番激斗，將尼奧救了出來。
　　此時，電子烏賊部隊對錫安發(fā)起了猛烈的攻擊，人類組織所有機甲戰(zhàn)士展開頑強的抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難，到達機器城市，尼奧終于見到了機器世界的統(tǒng)治者“機器大帝”，雙方談判并達成了協(xié)議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯，以換取錫安的和平。
　　在“母體”中，尼奧和史密斯展開了關系人類生死存亡的最后決斗。

　　尼柯林是一位經驗豐富的心理學家，她在一家懲教機構開始了一份新工作。她遇到了伊德里斯，一個犯下了一系列嚴重罪行的性犯罪者。經過五年的治療，他即將開始他的第一個無人陪伴的緩刑期。他的從業(yè)團隊對他的發(fā)展充滿熱情，但新人尼柯林不信任他，并試圖對他的緩刑期施壓。伊德里斯盡其所能說服尼柯林相信他的善意，但慢慢地，他變成了她從一開始就在他身上看到的那種控制欲很強的男人。兩人之間的權力游戲開始了，盡管尼柯林有知識和經驗，她還是完全陷入了困境。

　　一名大學教授的殘忍謀殺案引發(fā)了學生騷亂，一位警察展開調查的同時一名律師在法庭上尋求正義。