《云奇飛行日記（第二部）》主要講述云奇和一群新朋友一起在團(tuán)團(tuán)飛行學(xué)校發(fā)生的開心的事情和一些津津有味的故事。 云奇的夢(mèng)想是做環(huán)繞世界一周的旅行飛行，截止目前團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)還沒有一架飛機(jī)去過世界的各個(gè)機(jī) 場(chǎng)，云奇決定成為團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)第一架環(huán)游世界的飛機(jī)，但是大家都認(rèn)為作為小型機(jī)的云奇在沒有通過長(zhǎng)距離和艱難航道的考試，環(huán)繞世界一周是不可能的，但是云奇認(rèn)為他可以實(shí)現(xiàn)，云奇在為自己的環(huán)球飛行計(jì)劃進(jìn)行緊張的籌備，并選擇在一天臺(tái)風(fēng)來的那天，大家無暇顧及他的時(shí)候開始進(jìn)行環(huán)繞世界一周的旅行……但是，就像我們想象的那樣，云奇被臺(tái)風(fēng)影響，陷入墜機(jī)的危機(jī)中。通過迫降，云奇終于回到了團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)，但是從那天之后，云奇被暫停禁止飛行。環(huán)繞世界一周的計(jì)劃失敗了，云奇很不開心?？吹皆破孢@個(gè)樣子，團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)的綜合控制塔妮妮和團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)的朋友們都很擔(dān)心。最后團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)的綜合控制塔妮妮和云奇提了一個(gè)特別的約定——進(jìn)入“團(tuán)團(tuán)飛行學(xué)校”能夠通過最后的考試！

　　未來世界，入侵太陽系的宇宙怪獸軍團(tuán)沒有結(jié)束。
　　具有超能力，能夠召喚大型機(jī)器人少男少女們——“TOPLESS”們組成了宇宙怪獸攻擊部隊(duì)，以此保護(hù)太陽系。
　　少女諾諾崇拜傳說中的宇宙飛行員諾諾利利，希望成為一名宇宙飛行員，可是離家出走的她卻落得只能打工做餐廳服務(wù)員。
　　機(jī)緣巧合，諾諾結(jié)識(shí)了“TOPLESS”一員拉爾克，拉爾克拒絕了諾諾加入的請(qǐng)求。但此時(shí)，地面上突然出現(xiàn)了宇宙怪獸。諾諾被卷入戰(zhàn)斗，她隱藏的超能力被激發(fā)，宛如超人般的大敗了宇宙怪獸。諾諾與拉爾克就此成為戰(zhàn)斗伙伴。但是，宇宙怪獸的強(qiáng)大，與世界的真相，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超乎二人的想象。

　　15世紀(jì)的歐洲某國(guó)。在跳級(jí)中被允許進(jìn)入大學(xué)的神童拉法爾。他回應(yīng)了周圍的期待，宣布將專攻當(dāng)時(shí)最重要的神學(xué)。但是，從以前開始就熱心投入的對(duì)天文的熱情一直沒有被拋棄。
　　有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘學(xué)者。因?yàn)橛|犯了基于異端思想的禁忌而受到拷問，被關(guān)進(jìn)監(jiān)獄的休伯特。
　　他研究的是關(guān)于宇宙的沖擊性的“某個(gè)假說”——。

第12季講述了白月初被涂山雅雅帶到危險(xiǎn)的“圈外”發(fā)動(dòng)了她的獨(dú)門絕技鏡花緣，喚醒了白月初失落的記憶，揭開了東方月初當(dāng)年是如何在道盟推動(dòng)人和妖和平的背后故事。

　　天才少年小七和萌萌奶龍這對(duì)活寶的日常生活，奶龍由于所在的星球發(fā)生變故，來到地球天才少年小七家，小七擅長(zhǎng)各種發(fā)明，帶著奶龍穿梭在武林空間、荒島空間、游戲空間展開冒險(xiǎn)，發(fā)生一些列啼笑皆非的故事。