這是一個(gè)魔法少女的存在獲得了認(rèn)可的世界。一款名為《魔法少女育成計(jì)劃》的游戲能夠萬里挑一制造出真正的魔法少女，而等待著這些幸運(yùn)女孩們的，將會是萬人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，運(yùn)營方忽然宣布要將魔法少女的數(shù)量削減一半，而方法，竟然是讓現(xiàn)存的魔法少女進(jìn)行殘酷的競賽。天真善良的少女白雪（東山奈央 配音）、外冷內(nèi)熱的忍者波紋（沼倉愛美 配音）、背負(fù)著巨劍的圣少女（佐倉綾音 配音）、騎著掃帚大大咧咧的最高速（內(nèi)山夕實(shí) 配音）、百發(fā)百中的神槍手災(zāi)厄瑪麗（井上喜久子 配音），在這些被吉祥物法布（間宮胡桃 配音）選中的魔法少女們之間，一場大戰(zhàn)即將拉開序幕。

　　"　　魔界樹篇
　　自和黑暗帝國一戰(zhàn)后，本應(yīng)已死的月野兔、水野亞美、火野麗、木野真琴、愛野美奈子和地場衛(wèi)，在銀水晶的幫助下復(fù)活，不過他們已經(jīng)喪失過去作戰(zhàn)時(shí)的記憶，重新開始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出現(xiàn)在十番街，外星人巖和安帶著魔界樹來到地球，并以兄妹銀河星十郎、銀河夏美的身份入讀十番中學(xué)。巖和安的生命之源魔界樹正日漸枯萎，他們于是派手下卡魔人四處收集能量。巖和安本是情侶，但卻分別愛上小兔和阿衛(wèi)，使四人的關(guān)系變得復(fù)雜。因?yàn)榭说某霈F(xiàn)，小兔首先被露娜喚醒記憶，再次成為愛與正義的戰(zhàn)士，保衛(wèi)地球。小兔不想讓其它人再度作戰(zhàn)，努力想靠自己一人之力戰(zhàn)斗。一次亞美等人受襲，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢復(fù)了四戰(zhàn)士的記憶，于是美少女戰(zhàn)士再度集合，為愛與正義而戰(zhàn)。雖然水手服戰(zhàn)士的記憶是回復(fù)了，但阿衛(wèi)仍未回復(fù)記憶，小兔于是出盡方法令阿衛(wèi)記起她?，F(xiàn)在戰(zhàn)斗時(shí)已沒有了夜禮服假面的幫忙，卻出現(xiàn)了一個(gè)神秘人月影騎士，也經(jīng)常幫助水手服戰(zhàn)士。小兔的胸針被卡魔人打碎后，又把銀水晶鑲進(jìn)去，獲得了更強(qiáng)的月水晶威力。魔界樹快要枯死了，安發(fā)現(xiàn)它對小兔的能量有反應(yīng)，于是命卡魔人把小兔捉住，獻(xiàn)給魔界樹，使它吸收小兔的能量。小衛(wèi)巧合地和小兔同被魔界樹捉住，魔界樹吸收他們的能量后，開始急速膨脹，它的樹枝把整幢大廈包圍了，四位戰(zhàn)士也來到，要救小兔和阿衛(wèi)。小兔和阿衛(wèi)互相關(guān)心對方，巖和安妒忌他們的親密，攻擊二人……
　　黑月帝國篇
　　神秘少女小小兔從天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，從此寄住月野家。小衛(wèi)突然要和小兔分手，小兔大為緊張，用盡方法只想再和小衛(wèi)在一起。小小兔的目的原來是要找尋銀水晶，救她的媽媽。她同時(shí)又被神秘的黑月帝國一族追殺，她每次被逼到無路可逃時(shí)，都會發(fā)出強(qiáng)大的能量，戰(zhàn)士們于是能夠朝能量發(fā)出的方向去救她。五位戰(zhàn)士再度掌握新必殺技，對抗敵人。敵人中的魔界四姐妹，分別也擁有和四戰(zhàn)士相似的力量，常常和戰(zhàn)士們激戰(zhàn)。四姐妹開始對黑月帝國的做事方法產(chǎn)生疑惑，加上她們的上司宇伯魯斯對待她們的殘酷手段，終于令她們改邪歸正，在戰(zhàn)士們的幫助下，重獲新生。神秘新戰(zhàn)士水手冥王星登場，使戰(zhàn)士們對小小兔有更深的認(rèn)識。經(jīng)過一番波折，阿衛(wèi)終于擺脫心魔，再度和小兔在一起。輸送黑暗能量的暗黑之門完成，小小兔也帶著眾戰(zhàn)士穿越時(shí)空，到達(dá)未來的水晶東京。在那里，戰(zhàn)士們知道了黑月帝國的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿衛(wèi)的女兒。小小兔獨(dú)自走出水晶宮殿，被黑月帝國的瓦斯曼迷惑，錯(cuò)信父母和其它戰(zhàn)士都不愛她，于是接受黑暗能量，變成黑暗淑女。黑月帝國狄曼特王子和沙菲爾王子被瓦斯曼殺死，瓦斯曼的野心完全暴露出來。在瓦斯曼的迷惑和戰(zhàn)士們的真愛下，小小兔的思緒開始極度混亂，瓦斯曼見她動搖，把她和小兔、阿衛(wèi)用黑暗力量包圍起來，三人處境危險(xiǎn)，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿衛(wèi)用自己全部的力量不惜生命要喚醒小小兔，小小兔最終回憶起大家的好，恢復(fù)了原樣，并決定為這個(gè)世界和未來的世界盡自己的努力。最終兩個(gè)兔子用現(xiàn)在和未來的兩顆銀水晶打敗瓦斯曼拯救了地球。最終世界和平，小小兔也回到了恢復(fù)正常的未來世界。"