故事發(fā)生在戰(zhàn)國(guó)時(shí)代，普通人家出身的男孩豬名寺亂太郎祖輩曾是忍者，在父親的勸說(shuō)下，他離開(kāi)家鄉(xiāng)攝津，進(jìn)入當(dāng)時(shí)一流的忍者學(xué)園學(xué)習(xí)。在學(xué)校，他認(rèn)識(shí)了與之同齡的新兵衛(wèi)和霧丸。新兵衛(wèi)是一個(gè)出身富商家庭的小胖子，為人迷迷糊糊，對(duì)吃尤為感興趣；霧丸則是身世貧苦的孤兒，為人精明，貪財(cái)吝嗇。這三個(gè)性格迥異卻的小家伙成為好朋友，他們最大的共同點(diǎn)就是經(jīng)常因?yàn)榭荚嚥患案袷艿教幜P。當(dāng)然，以校長(zhǎng)大川平次渦正為首的老師們也都是性格古怪且鮮明的爆笑人物，亂太郎他們和周圍的同學(xué)、老師一起上演了連番搞笑、有趣的精彩好戲……
　　本片根據(jù)漫畫家尼子騒兵衛(wèi)原著《落第忍者亂太郎》改編，改編成動(dòng)畫時(shí)，因NHK電視臺(tái)的禁忌而將“落第”二字去掉。

　　該片講述的是《鐵膽火車俠》幾年之后的故事，部分人物的聲優(yōu)有變更?；九c《鐵膽火車俠》一樣是面向小學(xué)生的作品。前作的主人公哲雪在故事的最后幾集登場(chǎng)。
　　鐵膽火車俠與黑魔頭兩軍離開(kāi)數(shù)年后。由于黑魔頭軍再?zèng)]有入侵地球的事被判明，JHR基地 面臨著被封閉的命運(yùn)。不過(guò)現(xiàn)在，黑魔頭軍又再度襲來(lái)。他們的目的是為了帶給人類不幸，并利用人類小學(xué)生圣橋健太來(lái)協(xié)助他們做壞事。期間健太誤入了500系新干線所行使的鐵軌上而快要被火車撞到。就在這時(shí)，光能量從宇宙飛來(lái)并與500系新干線合體，鐵膽火車俠Lightning West變形！鐵膽火車俠與黑魔頭軍的戰(zhàn)斗又再度展開(kāi)了。