《云奇飛行日記（第三部）》主要講述云奇和一群新朋友一起在團(tuán)團(tuán)飛行學(xué)校發(fā)生的開心的事情和一些津津有味的故事。 云奇的夢(mèng)想是做環(huán)繞世界一周的旅行飛行，截止目前團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)還沒有一架飛機(jī)去過世界的各個(gè)機(jī) 場(chǎng)，云奇決定成為團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)第一架環(huán)游世界的飛機(jī)，但是大家都認(rèn)為作為小型機(jī)的云奇在沒有通過長(zhǎng)距離和艱難航道的考試，環(huán)繞世界一周是不可能的，但是云奇認(rèn)為他可以實(shí)現(xiàn)，云奇在為自己的環(huán)球飛行計(jì)劃進(jìn)行緊張的籌備，并選擇在一天臺(tái)風(fēng)來的那天，大家無暇顧及他的時(shí)候開始進(jìn)行環(huán)繞世界一周的旅行……但是，就像我們想象的那樣，云奇被臺(tái)風(fēng)影響，陷入墜機(jī)的危機(jī)中。通過迫降，云奇終于回到了團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)，但是從那天之后，云奇被暫停禁止飛行。環(huán)繞世界一周的計(jì)劃失敗了，云奇很不開心?？吹皆破孢@個(gè)樣子，團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)的綜合控制塔妮妮和團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)的朋友們都很擔(dān)心。最后團(tuán)團(tuán)機(jī)場(chǎng)的綜合控制塔妮妮和云奇提了一個(gè)特別的約定——進(jìn)入“團(tuán)團(tuán)飛行學(xué)校”能夠通過最后的考試！

　　在防衛(wèi)隊(duì)長(zhǎng)官·四之宮功的判斷下，日比野卡夫卡逃過了被做成武器的命運(yùn)，但依然處于被關(guān)押狀態(tài)。在第三部隊(duì)的新人們接到調(diào)動(dòng)命令，紛紛趕赴各自要去往的新部隊(duì)時(shí)，率領(lǐng)第一部隊(duì)的最強(qiáng)者·鳴海弦出現(xiàn)在了卡夫卡面前。
　　鳴海表示不需要作為隊(duì)員的卡夫卡，為了讓他認(rèn)可自己，卡夫卡必須直面“怪獸8號(hào)”那過于強(qiáng)大的力量。但與此同時(shí)，“怪獸9號(hào)”的威脅也在暗中逼近…