在不久的將來(lái)，不論網(wǎng)絡(luò)如何先進(jìn)，政治分裂和人種差異仍然存在……一名叫代田的男子向蓋佛共和國(guó)（Gaffle epublic）的外交官提出政治庇護(hù)的要求，遭到日本外交部下屬的六組（談判組）組長(zhǎng)的反對(duì)。當(dāng)六組正在和該外交官交涉時(shí)，九組的上校從天而降，擊斃了外交官。實(shí)際上這是幫的六組的忙。因?yàn)榇锸峭饨徊康囊豁?xiàng)名為2501計(jì)劃的主要設(shè)計(jì)者，而該計(jì)劃現(xiàn)在出了問(wèn)題，六組自然不會(huì)放他到國(guó)外而泄露秘密。2501計(jì)劃—即“Puppet Master”，中文稱作“傀儡王”，是外交部用來(lái)消滅異己的工具。他象一個(gè)病毒，安裝程序在特定的Ghost之中來(lái)控制他人，以達(dá)到外交部不可告人的政治目的，所以稱為Puppet Master。然而傀儡王在穿越網(wǎng)絡(luò)的過(guò)程中漸漸察覺(jué)他自己的存在，產(chǎn)生了自我的意識(shí)，對(duì)六組來(lái)說(shuō)就是失控了，所以六組很著急將他抓回來(lái)。擊斃蓋佛共和國(guó)的外交官的上校是麥格公司制作的帶有人腦細(xì)胞的機(jī)器人，是九組的特工人員，同在一起的還有巴特和一名由警署調(diào)來(lái)的德古沙，后者是九組除了組長(zhǎng)以外的唯一一個(gè)基本保持原有身體的人。正當(dāng)外相和蓋佛共和國(guó)就要舉行密談的時(shí)候，Puppet Master侵入了外相的翻譯…