劇情緊接外傳 Battlefield of Pacifist（和平主義者的戰(zhàn)場），地球與殖民地的戰(zhàn)斗于殖民后196年結(jié)束。除五飛外，希洛等四位高達駕駛員決心把高達送往太陽丟棄，然而統(tǒng)一的地球圈再次被人類的欲望所吞噬，戰(zhàn)亂再一次燃起。巴頓財團利用前OZ統(tǒng)帥杜魯斯之女作傀儡領(lǐng)袖成立軍隊，以新建之殖民地X18999為基地，同時脅持擔任地球外交官的莉莉娜作人質(zhì)，企圖實行第二次流星作戰(zhàn)。希洛等人進入殖民地化解危機并把高達取回作戰(zhàn)。

　　《Arise》于2015年重制成10集電視動畫《攻殻機動隊Arise - Alternative Architecture》，前八集由劇場版四部曲重新剪輯而成，最后兩集「Pyrophoric Cult」為完全新作故事，內(nèi)容則是圍繞著將故事導引至《攻殼機動隊 新劇場版》的電子腦病毒：火種，所帶來的沖擊性前傳作品。
　　DAY 1
　　2029年1月，在新濱市郊外發(fā)生飛機爆炸的恐怖攻擊，荒卷率領(lǐng)的公安九課收到美軍情報部提出共同搜查的請求。事件的嫌犯推測是買賣電子腦病毒?火種的中間人，通稱「縱火魔」。縱火魔從卡爾特派遣過來暗殺穂積上校，將追查自己的美軍情報員以飛機爆炸的恐怖攻擊方式將其殺害。草薙將穂積當做誘餌，為了逮捕縱火魔設(shè)下包圍網(wǎng)。
　　DAY 2
　　在激烈的電子腦戰(zhàn)斗中，草薙成功壓制住縱火魔，但查明的縱火魔身份，竟然在飛機的失事現(xiàn)場所發(fā)現(xiàn)的恐怖分子遺體資料一致！縱火魔究竟是誰？在分析電子腦的過程中，被排除在共同搜查外的草薙一行人，轉(zhuǎn)任移送穂積上校到美軍情報部的護衛(wèi)，但縱火魔竟成功脫逃并殺害設(shè)施內(nèi)的所有技師，并襲擊草薙一行人?？v火魔的電子腦內(nèi)只殘存一個意志，就是保護能將所有人進化的鑰匙：火種。

圣誕之夜，卡森共和國水企業(yè)和哈里曼達拉公司簽訂協(xié)議的大廈門外，無數(shù)群眾聲討抗議。而就在此時，擔任護衛(wèi)的警察機動部隊突然掏槍對示威群眾展開無差別屠殺。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火種”若隱若現(xiàn)。在與不明敵人對決過程中，草薙素子（坂本真綾 配音）和獨立機動部隊的同伴們救下了全身義體的少女津田艾瑪（茅野愛衣 配音），其身上似乎隱藏著利用虛擬記憶進行恐怖活動的事實。公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）拒絕將其交給陸軍情報部穗積上校（慶長佑香 配音），而是命令草薙將艾瑪護送至501機關(guān)接受調(diào)查。草薙在少女身上不僅發(fā)現(xiàn)兩個靈魂的存在，更觸摸到了被官方、軍方可以隱藏的悲慘真相……

　　正享受短暫假期的公安九課少校草薙素子（坂本真綾 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的報告，西之內(nèi)某處大廈遭受恐怖分子襲擊，政府高官和商業(yè)巨擎被人殺害。在草薙的指揮下，九課的石川、波瑪、帕茲、巴特等人通力合作，將恐怖分子徹底制服，但草薙在行動中意外受到神秘病毒感染。在西之內(nèi)恐怖襲擊的同時，遠郊的水壩發(fā)生爆炸案。新濱縣刑警陀古薩（新垣樽助 配音）傳喚水壩管理企業(yè)負責人沙特博士，對方是來自飽經(jīng)戰(zhàn)火的卡森共和國的卡爾迪斯人。受警方高層施壓，陀古薩沒有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真實身份，正是卡爾迪斯的游擊隊組織。兩起案件意外聯(lián)系在一起，其背后隱藏怎樣的真相？
　　本片根據(jù)士郎正宗的原作改編，為攻殼機動隊前傳“ARISE”的第三部。

這是一段攻殼機動隊成立前夕鮮為人知而又影響深遠的故事。2027年6月6日的一天，隸屬陸軍機密部隊501機關(guān)的真室中佐（宮內(nèi)敦士 配音）在鬧市街頭被人殺害，此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身，他對死亡背后自然隱藏著無數(shù)謎團。陰雨之夜，試圖取回真室電子腦的公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）與生化人草薙素子（坂本真綾 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此時草薙還只是501機關(guān)負責網(wǎng)絡(luò)犯罪追查的軍人，此行她希望找到倍為尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。誰知，棺木中的中佐早已不見了蹤影。在此之后，她受到荒卷委托展開調(diào)查，并在一連串兇險追查的過程中與前特種部隊成員巴特（松田健一郎 配音）和時為新濱縣刑警的陀古薩（新垣樽助 配音）邂逅。撲朔迷離的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根據(jù)士郎正宗的原作改編。