阿斯嘉特大戰(zhàn)已經過去五年，世界在金蝰蛇和“東安聯”的支配下，維持著虛假而脆弱的和平。瑞為了復活赫雅重現商都，試圖找到被金蝰蛇集團獨吞的“圣柜線索”。然而一個與II型文明息息相關的神秘組織“黃昏使者”，早已經盯上了圣柜和瑞......

　　學業(yè)優(yōu)秀的高中二年級學生村上良太（逢坂良太 配音）是天文部唯一一名成員，童年時代他曾有過十分要好的朋友“黑貓”，但在一次事故中，少女黑貓為了營救良太而被宣告死亡。這起事件給了良太沉重的打擊與創(chuàng)傷，因此他才希望代替黑貓仰望星空，找到傳說中的外星人。這一天，美麗女孩黑羽寧子（種田梨沙 配音）轉到良太的班級，他驚訝地發(fā)現，黑羽竟和黑貓長得極其相像。寧子是個奇怪神秘的女孩，她不會九九乘法，卻能夠預測他人的死期。她在暴雨中拯救了本該死去的良太，并向對方透露了其魔法使的身份。為了保護良太，寧子拒絕與之過多接觸。然而好奇心十足且對過去抱著諸多疑問的良太，還是義無返顧闖入了一個神秘而危險的世界……
　　本片根據岡本倫的原作改編。