民國初期，袁世凱稱帝被推翻后，命其子袁克齊執(zhí)行報復行動，精武門義士劉澤波、劉小英兄妹奮不顧身救走精武門后人。袁世凱召其義子白鷹回國協(xié)助，克齊對白心存忌恨?；魟η巴芳仪f找岳父史威追討欠債，巧遇劉氏兄妹帶著一群孩童被克齊手下追殺?；魞纱纬鍪窒嗑取＜?zhàn)中．劉澤波因傷重去世，臨終托霍劍保護眾人上路。與此同時，史威帶女兒史月兒到長虹客棧收帳，與克齊手下發(fā)生沖突，幸得白鷹出手相救，原來，白鷹與史月兒在國外是同窗。小英帶孩子們逃至真如寺，待白鷹與手下趕到，眾小孩已化裝成小和尚，白以佛經(jīng)考察小和尚，豈料小孩均能一一應對。白與手下離去，途中發(fā)現(xiàn)疑點，與眾人折返，而寺內(nèi)已空空如也。小英帶孩子們逃至史威家中找前來討債的霍劍幫助掩護眾人前往蔡將軍處。途中，一行人被埋伏的白鷹手下追殺，白攔住眾人，正要下手，月兒追至向白鷹曉以大義，白鷹終被說服，放走眾人。正欲回府，忽見克齊出現(xiàn)，克齊早對白鷹不滿，兩人大戰(zhàn)一場，白鷹負傷而逃。霍劍等人逃至華洋貨棧，不料接頭人已被殺死。次日清晨，克齊帶大批手下追至，小英與霍劍相繼受傷。白鷹帶傷助戰(zhàn)，最終白與小英聯(lián)手將克齊殺死，兩人亦傷重死去?；魟εc月幾將孩子們安全送達蔡將軍處。并最終結(jié)為夫婦。

小鈴（能年玲奈 配音）是一個整日里慢慢騰騰迷迷糊糊的姑娘，最大的愛好就是畫畫。眼看著到了嫁人的年紀，在父母的安排下，小鈴來到了吳市，嫁給了名為北條周作（細谷佳正 配音）的男子，成為了北條家的媳婦。

21世紀初，人類將多數(shù)人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發(fā)的時空歪曲，導致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與?？宋鞲ァ⒈葼柹碃柕聝煞N族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰(zhàn)術”，通過殊死戰(zhàn)斗成功擊倒了哥斯拉。
　　但喜悅并未持續(xù)多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現(xiàn)身了。兩萬年間持續(xù)成長生存、身高300米、質(zhì)量超過10萬噸，在進化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——?！案D亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰(zhàn)者、抗爭者，全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們，晴男回應道“這是以人類的雙手奪回地球的最后機會了”。
　　另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作為“對哥斯拉決戰(zhàn)兵器”所開發(fā)、在啟動前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構成。這正是當時的開發(fā)設備至今仍然殘存的證明——。