故事發(fā)生在位于千葉縣的立總北高中內(nèi)，小野田坂道（山下大輝 配音）是一名徹頭徹尾的御宅族，沉迷于二次元文化之中。在小野田的整個(gè)初中時(shí)代，他都沒(méi)有能夠找到志同道合的同好，因此他做出了一個(gè)決定，那就是一定要在高中加入動(dòng)漫社。哪知道動(dòng)漫社因?yàn)槿藛T不足而解散了，這讓小野田好不容易燃起的斗智宛如澆了一盆冷水。
　　一次偶然中，小野田騎著自行車爬坡的姿態(tài)被騎行社的今泉俊輔（鳥(niǎo)海浩輔 配音）看到了，今泉是一位經(jīng)驗(yàn)非常豐富的自行車運(yùn)動(dòng)員，從初中時(shí)代起就開(kāi)始參加各類比賽，在小野田的身上，今泉看到了過(guò)人的騎行天賦，于是決定游說(shuō)他加入騎行社。

——自由，是何等美麗，又是何等殘酷呢逃離了恩典農(nóng)場(chǎng)的15個(gè)孩子。拋棄虛假的樂(lè)園、追求自由的他們，面臨的是從未見(jiàn)過(guò)的植物和動(dòng)物，以及追趕而來(lái)的“鬼”……外面的世界雖然美麗，但他們所面對(duì)的又過(guò)于殘酷。但孩子們不會(huì)放棄。他們?cè)趤?lái)自“密涅瓦”的信息以及諾曼留下的一支鋼筆的引導(dǎo)下，向著明天進(jìn)發(fā)。為了實(shí)現(xiàn)前去迎接留在農(nóng)場(chǎng)的“家人”這一約定。

電視動(dòng)畫(huà)《圣痕煉金士》改編自吉野弘幸原作、佐藤健悅作畫(huà)的同名漫畫(huà)。在漫畫(huà)雜志《Champion RED》2009年7月號(hào)（2009年5月19日發(fā)售）上，發(fā)表了《圣痕煉金士》TV動(dòng)畫(huà)化的消息。電視動(dòng)畫(huà)于