在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個(gè)其他人類(lèi)居住的世界。當(dāng)中一個(gè)國(guó)家「瑪雷」與其他各國(guó)爆發(fā)戰(zhàn)爭(zhēng)。陷入苦戰(zhàn)之際，他們決定要攻進(jìn)帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過(guò)來(lái)。在這里又看到另一群孩子們拼命求生存的身影……。

本劇以鐮池和馬所著的輕小說(shuō)《魔法禁書(shū)目錄》中的人氣角色御坂美琴為主角的外傳漫畫(huà)《科學(xué)超電磁炮》改編。故事發(fā)生在面積占據(jù)東京都西部的三分之一，居住著230萬(wàn)名人口，其中八成人口是學(xué)生的巨大都市“學(xué)園都市”。學(xué)園都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學(xué)生都接受超能力開(kāi)發(fā)，并大都借由藥物、催眠術(shù)與通電刺激等方式取得超能力。有各種類(lèi)型不同能力，以范圍和威力分為無(wú)能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、異能力者（Level 2）、強(qiáng)能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事從學(xué)園都市最強(qiáng)的電擊公主“超電磁炮”御坂美琴，某天認(rèn)識(shí)了和黑子一樣擔(dān)任風(fēng)紀(jì)委員的初春飾利開(kāi)始...

全人類(lèi)被神奇的現(xiàn)象一瞬間石化后過(guò)了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學(xué)少年·千空蘇醒了。在文明遭到毀滅的石之世界（STONE WORLD）里，千空決定要用科學(xué)的力量復(fù)原整個(gè)世界。而與此同時(shí)蘇醒過(guò)來(lái)的有，以有著過(guò)人體力的兒時(shí)玩伴·大木大樹(shù)為首的伙伴們，從零開(kāi)始創(chuàng)造文明——從石器時(shí)代到現(xiàn)代文明，絕對(duì)要趕上這科學(xué)史的200萬(wàn)年差距！前所未聞的創(chuàng)世冒險(xiǎn)譚，就此開(kāi)幕！

為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對(duì)抗,國(guó)際科學(xué)特搜隊(duì)的鯨井大助決定組織一隊(duì)改造人部隊(duì)，最後他找到接受手術(shù)的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負(fù)著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。
　　後來(lái)因古萊姆引入了侵略機(jī)械人，把目標(biāo)由犯罪轉(zhuǎn)變成征服地球。因此皇牌突擊隊(duì)亦加入了行動(dòng)隊(duì)長(zhǎng)Big 1（ビッグワン），令戰(zhàn)況更加白熱化。

　　故事以只有女性能使用的世界最強(qiáng)兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強(qiáng)制進(jìn)入培育 IS 操縱者的學(xué)校「IS 學(xué)園」，周?chē)硭?dāng)然也都是女性，而女生們也對(duì)這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開(kāi)了許多趣味橫生的學(xué)校生活。

　　當(dāng)馬克被迫面對(duì)自己的過(guò)去和未來(lái)時(shí)，一切都發(fā)生了變化，同時(shí)他發(fā)現(xiàn)還需要走多遠(yuǎn)才能保護(hù)他所愛(ài)的人。