祖輩相傳的民俗作家一色正和（堺雅人 飾）與仰慕他的青年編輯亞紀(jì)子（高畑充希 飾）結(jié)為夫婦，新婚燕爾，夫婦倆親昵無(wú)間，攜手返回一色的出生地鐮倉(cāng)?；氐界爞}(cāng)不久，單純的亞紀(jì)子就被眼前走過(guò)的河童小人嚇了一跳。原來(lái)鐮倉(cāng)自古是妖氣很重的一座城市，妖怪、幽靈毫無(wú)忌憚，隨意現(xiàn)身；而當(dāng)?shù)厝艘惨?jiàn)怪不怪，與異類和平相處，分外融洽。開(kāi)朗的亞紀(jì)子很快就適應(yīng)了這種新生活，她接納著丈夫的怪癖，見(jiàn)證著幽靈和人類的牽絆，甚至還把一尊貧窮之神接納家中。                                                                    　　可是就是這么善良的亞紀(jì)子，卻遭到一個(gè)妖怪的暗算。她失去了身體，以靈體的狀態(tài)游離世間，等同于死亡，這可急壞了一色……

作惡多端的黑龍被封印在深不可測(cè)的天音湖中，每隔五百年便要舉行鳳凰大典，利用鳳凰的叫聲加固封印。有一個(gè)五百年如期而至，誰(shuí)知在典禮進(jìn)行的途中發(fā)生了意外，鳳凰孵化失敗，黑龍掙脫了束縛重返人間，世界陷入了水深火熱之中。想要再度封印黑龍，必須前往天音谷尋找七件神器，它們共同吹奏出的樂(lè)曲能夠催化鳳凰蛋。不幸的是，虹貓（謝娜 配音）沉睡在天音湖底，無(wú)奈之中，藍(lán)兔（袁慧敏 配音）只得獨(dú)自和天音大師（張懷武 配音）踏上了尋找神器的旅途。途中，兩人遇見(jiàn)了魔術(shù)師小貍（謝娜 配音），小貍于無(wú)意之中展現(xiàn)出了神奇的能力，成為了行動(dòng)中不可缺少的重要環(huán)節(jié)。

海底小縱隊(duì)是一群活躍在海底的小小冒險(xiǎn)家。小縱隊(duì)集結(jié)了皮醫(yī)生（企鵝）、生物學(xué)家謝靈通（海獺）、攝像師達(dá)西西（臘腸狗）、機(jī)械工程師突突兔（兔子）、小隊(duì)中尉呱唧（小貓）等7名伙伴，在核心成員巴克隊(duì)長(zhǎng)（北極熊）的帶領(lǐng)下向著未知的海域不斷探索前進(jìn)。在本次電影的探險(xiǎn)中，一座火山突然噴發(fā)，突然喚醒了太平洋海底的幾百座火山組成的 “火焰之環(huán)”，這一突發(fā)性事件迅速演變成了一場(chǎng)全球范圍的大災(zāi)難。即將集體爆發(fā)的火山群時(shí)刻威脅著被海嘯沖上岸的角島鯨、生活在火山群島的帽帶企鵝、小縱隊(duì)維修站的設(shè)備、海洋農(nóng)莊里植物魚種下的糧食……更不用說(shuō)那些常年居住在火山口的動(dòng)植物們！海底小縱隊(duì)的成員們必須在太平洋海域分頭行動(dòng)，分秒必爭(zhēng)，全力救助那些生活在火山周圍的奇異海洋生物們。