故事發(fā)生在公元945年，特使龐存義去中原諸國議和，后返回長樂府進行閩國祭祀大殿。不料南唐刺客乘機潛入長樂府大開殺戒，一夜之間，閩國滅亡。危急時刻龐存義被采茶少女茉季所救。失去記憶的龐存義化名“無名”，與茶商店員阿久、赤腳大夫麻十相識并結為兄弟。零星記憶時而閃現(xiàn)在“無名“腦海中。
　　一日茉季被青雀仙子擄走，三人為救茉季被迫上路。途經幽冥山谷時阿久離奇失蹤，后遇武林惡霸南唐雙魔。因麻十使詐，解救了被南唐雙魔綁架的閩國后裔，后三人一同尋找消失的阿久及被擄走的茉季的下落。
　　充滿沼氣的密室、消失已久的魚皮燈燭、神秘的守墓狼人，身份可疑的青雀仙子。未知的道路迷霧重重，神秘的甬道機關兇險。

小禽龍阿拉達生活在白堊紀晚期，他自小就生活在一個桃花園般的小島上。由一群狐猴撫養(yǎng)長大大的阿拉達從來就沒有見過自己的同類，與他的狐猴朋友一直無憂無慮的生活在一起。一場不期而至的流星雨將阿拉達所在的小島擊毀了，阿拉達和他的狐猴朋友一起逃難來到了大陸。這時，因為大氣變熱，水源供給越來越緊張，阿拉達他們遇上了一群正在遷徙尋找新的棲身之地的恐龍并加入了他們。于是，阿拉達和同伴們一起開始了這次異常艱難的遷徙之旅。

堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉而攻向管風琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準備在落成之日舉行演奏會。然而在演奏會之前，堂本音樂學院的學生相繼死去，先是爆炸案，后是單個被殺。園子帶著柯南一行人來聽排練，認識了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對音感的秋庭也開始遭遇到危險：潤生茶被下藥、作森林浴時遭遇空氣槍襲擊、試演會當天更遭擊暈。然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經正式開演的演奏會渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內的一千多人頓時危在旦夕，絕對音感成為了唯一的救命線索?？履险业搅吮ǖ倪壿?，要在罪犯引爆最后一個炸彈前，把他找出來。

柯南和小五郎等拉著大隊，來到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關沉沒于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調查。
　　柯南認為獵人之死，跟寶藏傳說有著莫大關系，他試圖解開背后原因，“海底宮殿”的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”后，滿以為有所起色，獵人卻突然現(xiàn)身，并偷走了原來發(fā)現(xiàn)的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏于傳說中的訊息是什么？“海底宮殿”有什么秘密？穿越300年時光的暗號，柯南誓要逐步解開迷題

《大江東去》是雷獻禾執(zhí)導，李幼斌、曹力等主演的繼《大雪無痕》《絕不放過你》之后的反腐打黑三部曲終結篇。該片取材自震驚全國的“沈陽慕馬大案”，由一宗市長女兒綁架案牽引出的腐敗大案。