1945年，程慈航作為一名游學(xué)歸來的刑偵專家，剛剛在碼頭遇到了一場(chǎng)險(xiǎn)情。一只鐵箱成為了多方勢(shì)力爭(zhēng)奪的焦點(diǎn)，里面存放著日軍細(xì)菌武器的絕密檔案。鐵箱被警察廳廳長(zhǎng)莫采石存放在檔案館的密室里，然而在一夜之間卻神秘失竊，案情從此變得撲朔迷離不可捉摸。
程慈航意識(shí)到此案件的重要性，因?yàn)樗鼱砍兜饺哲姷拿孛芗?xì)菌武器。他決定向長(zhǎng)期以來的“叔叔”莫采石請(qǐng)戰(zhàn)，希望能夠揭開這一謎團(tuán)。總署刑偵警察局局長(zhǎng)霍然隨即特聘程慈航為布衣偵探，授權(quán)他調(diào)查此案。程慈航上任后，迅速發(fā)現(xiàn)了一些蛛絲馬跡，并逐步接近真相。然而，他卻屢遭阻撓，每當(dāng)他接近關(guān)鍵線索時(shí)，總有人先他一步將相關(guān)人員殺害，使得案件的幕后黑手更加神秘。程慈航將如何解開這個(gè)撲朔迷離的案件，找到失蹤的檔案，以及揭示幕后黑手的真正身份，這一切都將在劇中逐步揭曉。
