最強(qiáng)魔術(shù)士，再臨。
　　「想要與我做個(gè)了斷的話(huà)，就來(lái)基姆拉克吧」在義姐·阿莎莉留下的話(huà)語(yǔ)引導(dǎo)下，歐菲等人前往與魔術(shù)士極度對(duì)立的基姆拉克。他們突然聽(tīng)到了悲鳴而趕往現(xiàn)場(chǎng)，在累累尸山中遭遇了與敵人果敢戰(zhàn)斗的女劍士梅晨。歐菲對(duì)她出手相助，作為交換拜托她帶領(lǐng)自己前往基姆拉克。歐菲等人消滅了敵人，終于抵達(dá)基姆拉克，等在他們面前的是以庫(kù)歐為首長(zhǎng)、執(zhí)行魔術(shù)士暗殺工作的?死亡教師?們。歐菲最終抵達(dá)的《天使與惡魔的真實(shí)》是什么？阿莎莉?qū)⑺麕?lái)此地的真正意圖又是什么？種種思緒交錯(cuò)的壯大物語(yǔ)啟動(dòng)！

高町奈葉（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年級(jí)學(xué)生，某日，在上學(xué)的路上，她同來(lái)自異世界米德其路達(dá)的尤諾（水橋香織 配音）相遇了。尤諾告訴奈葉，她正在尋找遺落人間的太古遺產(chǎn)“圣石之種”，這種珍貴的寶物蘊(yùn)藏著巨大的能量，如果棄之不顧有可能在人間界造成巨大的破壞，接二連三的波折之后，奈葉成為了幫助尤諾回收種子的魔法少女，開(kāi)始了一段充滿(mǎn)了危險(xiǎn)和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水樹(shù)奈奈 配音）的金發(fā)少女出現(xiàn)在了奈葉的面前，她和奈葉一樣同為回收種子的魔法少女，也就是說(shuō)，她們的關(guān)系是競(jìng)爭(zhēng)者。奈葉能夠打敗這樣一位強(qiáng)勁的對(duì)手嗎？對(duì)于菲特來(lái)說(shuō)，溫柔而又努力的奈葉又是一種怎樣的存在呢？

　　在本作舞臺(tái)的2030年代世界中，被稱(chēng)為“西歐財(cái)閥”的巨大組織利用財(cái)力、武力進(jìn)行世界規(guī)模的徹底性資源管理，所以技術(shù)以及人類(lèi)的進(jìn)步正停滯不前。因此表面上技術(shù)從2000年代起就沒(méi)有改變。 此作的世界觀與TYPE-MOON多作共通的世界觀基本設(shè)定一致，但卻是從TYPE-MOON多作共通世界觀的1970年代派生出來(lái)的平行世界，而并不單純是月姬和Fate等作品的未來(lái)。 在這個(gè)世界中大源的魔力(Mana)已經(jīng)枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界觀中的“魔術(shù)(Magi)”和“魔術(shù)師(Magus)”幾乎都衰落了，魔術(shù)協(xié)會(huì)也只余下本來(lái)就不太依賴(lài)魔力的“阿特拉斯院”。