由政府暗中受聘的一批精英，是專(zhuān)門(mén)為了消滅附身在人類(lèi)身上的怪物而組織起來(lái)的，這個(gè)部門(mén)的名稱(chēng)叫“麻辣特公組”。男主角蘭丸為了向殺害自己雙親的怪物報(bào)仇，與自己妹妹共同加入了這個(gè)組織。但是，昔日圍繞在自己腦海里雙親被殺的場(chǎng)面，讓他久久不能跨過(guò)“恐懼”這道門(mén)檻。                                    
                               　　一天，當(dāng)執(zhí)行任務(wù)時(shí)，一個(gè)手持大刀，身穿牛仔褲的紅發(fā)少女出現(xiàn)在他面前，少女只是冷冷的說(shuō):“我是來(lái)收拾著些‘垃圾’的?！闭f(shuō)罷，怪物的身軀已被砍下一半，血淋淋的場(chǎng)面，讓蘭丸目瞪口呆了……                        

　　某天，阿笠博士通過(guò)灰原哀邀請(qǐng)少年偵探團(tuán)的來(lái)他的研究所。當(dāng)孩子們到達(dá)時(shí)，卻得知阿笠博士被人綁架。原來(lái)，這只是博士跟大家做的小游戲，在第一關(guān)里，他提示少年偵探們需從三個(gè)不同的方向來(lái)某一地點(diǎn)與之會(huì)合。這樣的考驗(yàn)對(duì)柯南來(lái)說(shuō)自然不成問(wèn)題，但對(duì)文太、步美和光彥三人來(lái)說(shuō)卻是一個(gè)大的挑戰(zhàn)。經(jīng)過(guò)柯南的提示，三人成功找到問(wèn)題的關(guān)鍵，順利抵達(dá)目的地，等待他們的則是博士的第二道問(wèn)題。
　　另一方面，阿笠博士在設(shè)置游戲的過(guò)程中險(xiǎn)些遭遇車(chē)禍，結(jié)果發(fā)現(xiàn)司機(jī)竟是綁匪，他也因此遭到劫持。綁架游戲弄假成真，少年偵探團(tuán)最終能否成功救出博士呢？