日本著名造船公司八代商船設(shè)計(jì)制造了旗下第一艘豪華郵輪愛(ài)芙羅黛諦號(hào)，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請(qǐng)各界名流參加，上到首相下到富豪悉數(shù)前來(lái)。鈴木園子的父母也接到邀請(qǐng)，因行程安排鈴木夫婦無(wú)法出席，園子于是邀請(qǐng)、毛利小五郎、小蘭、柯南等一眾好友同行。藍(lán)天白云，美酒佳肴，眾人無(wú)不陶醉于這美好的假期之中。
　　但是，這注定是一次不尋常的航行。先是園子突然遭人綁架，接著八代商船的女社長(zhǎng)貴江被人殺害，與此同時(shí)董事長(zhǎng)八代延太郎也從船上神秘失蹤。此前不久，貴江的丈夫八代英人駕車時(shí)突發(fā)心臟病沖下山崖。這一連串死亡、失蹤案件似乎都與15年前八代商船的沉船事故有關(guān)。在層層推理調(diào)查之下，隱藏的秘密漸漸浮出水面…

東京、大阪、京都相繼發(fā)生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調(diào)查，發(fā)現(xiàn)死者都是出沒(méi)于3地專門(mén)偷竊有名的佛像及美術(shù)品的偷盜集團(tuán)“源氏螢”成員。該集團(tuán)共有成員8名，以義經(jīng)的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經(jīng)記》，被害5人手中的《義經(jīng)記》均被拿走。這日京都古寺山能寺收到奇怪書(shū)信，說(shuō)若能解開(kāi)信中所附的畫(huà)謎，便能找到8年前被竊的如來(lái)佛像?？履?、小蘭隨毛利小五郎來(lái)到該寺，均對(duì)畫(huà)謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對(duì)與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來(lái)到京都對(duì)案件秘密展開(kāi)調(diào)查，并借機(jī)找尋自己的初戀情人?？履吓c服部相遇聯(lián)手調(diào)查時(shí)，發(fā)現(xiàn)有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫(huà)謎有關(guān)。

柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊(cè)。不久又有警察手拿警察手冊(cè)被人射殺于地下車庫(kù)。對(duì)于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進(jìn)一步追問(wèn)，白鳥(niǎo)警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語(yǔ)，意味這兩起殺人事件與警察內(nèi)部人士有關(guān)。
　　柯南、小蘭等人參加白鳥(niǎo)妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時(shí)，一顆子彈射進(jìn)佐藤身體，小蘭嚇昏過(guò)去。次日小蘭醒來(lái)，卻因怪責(zé)自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見(jiàn)事態(tài)越來(lái)越嚴(yán)重，將秘密說(shuō)出，原來(lái)死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關(guān)醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長(zhǎng)的公子。將局長(zhǎng)公子假定為嫌疑人之一時(shí)，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會(huì)上少掉的兩個(gè)人。