琪琪今年13歲了，按照魔法界的規(guī)矩，魔法少女年滿13歲就要出外進行為期一年的修行。所以琪琪帶著寵物黑貓吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅開始得并不順利，當琪琪來到海邊一座大城市時，人們并沒有歡迎她的到來，人人都不搭理她。幸虧琪琪有一顆善良的心，當她拾到了一件別人的失物時，熱心的琪琪找到了失主。她的善良贏得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店開始了她用飛行魔法為客人服務的快遞業(yè)務。琪琪很快適應了新環(huán)境，一次，一個熱衷于飛機制造的男孩邀請琪琪去參加飛行俱樂部的聚會，途中琪琪因為幫一位老大娘送東西而被雨淋了。從此，琪琪突然發(fā)現自己的魔法正在一天天變弱。

陽光明媚的一天，盛大的B級美食嘉年華在春日部市召開，野原新之助（矢島晶子 配音）看到新聞后興奮非常，于是和櫻田妮妮、風間徹、代全林、佐藤正男等好朋友們商定，偷偷前往嘉年華大飽口福。與此同時，B級美食嘉年華舉行的消息也傳到所謂的A級美食機構。該機構最高負責人滿美食大人（中村悠一 配音）對B級食物充滿鄙夷，他決定徹底摧毀這些下等吃食。未久，A級美食的飛船飛臨嘉年華，對底層料理手藝人進行無情驅逐。為了挽救B級美食，炒面阿健決定啟用傳承已達五十代的秘制醬汁。阿健的相好紅子走投無路，將醬汁罐子交給春日部防衛(wèi)隊的各位。 　　小新和朋友們無意間承擔起包圍B級美食的重任……

在精靈旅社125周年慶典派對上，一場意外使德古拉帶領的精靈家族首次變身成人，而約翰尼則成了怪獸。為了尋找治療方法，這對冤家翁婿前往危機重重的南美雨林開啟了一場歡樂又刺激的冒險之旅，遭遇了種種令人捧腹的窘況。得知消息的梅菲斯帶領精靈家族前去營救愛人和老爸，他們最終能否將一切恢復正常？

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，寶可夢波爾凱尼恩從天而降并被迫與小智鎖在了一起。波爾凱尼恩與被人類傷害過的寶可夢們共同生活，因此非常討厭人類，但這條神奇的鎖鏈卻讓他們無法分開，奇妙的故事就此開始。小智與皮卡丘又將一起開始新的冒險…… 另一方面，在超級機關城市阿佐特王國，大臣賈維斯得到了常年追求的終極發(fā)明——500 年前誕生于阿佐特王國的人造寶可夢瑪機雅娜。據說在瑪機雅娜體內，有被稱為 “魂心”的未知力量，貪婪又邪惡的賈維斯企圖利用這股力量來統(tǒng)治王國。小智和波爾凱尼恩將會如何化解彼此的嫌隙？波爾凱尼恩與瑪機雅娜又有著怎樣的淵源？他們要如何共同對抗賈維斯拯救阿佐特王國？瑪機雅娜的最終命運又將如何結局？一場精靈寶可夢史上最偉大的戰(zhàn)役即將展開！