全人類被神奇的現(xiàn)象一瞬間石化后過了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學(xué)少年·千空蘇醒了。在文明遭到毀滅的石之世界（STONE WORLD）里，千空決定要用科學(xué)的力量復(fù)原整個世界。而與此同時蘇醒過來的有，以有著過人體力的兒時玩伴·大木大樹為首的伙伴們，從零開始創(chuàng)造文明——從石器時代到現(xiàn)代文明，絕對要趕上這科學(xué)史的200萬年差距！前所未聞的創(chuàng)世冒險譚，就此開幕！

為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學(xué)特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術(shù)的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負(fù)著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。
　　後來因古萊姆引入了侵略機(jī)械人，把目標(biāo)由犯罪轉(zhuǎn)變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰(zhàn)況更加白熱化。

　　故事以只有女性能使用的世界最強(qiáng)兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強(qiáng)制進(jìn)入培育 IS 操縱者的學(xué)?！窱S 學(xué)園」，周圍理所當(dāng)然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學(xué)校生活。

我是圭太，一名正準(zhǔn)備中考的學(xué)生。我正在一對雙胞胎姐姐的幫助下努力學(xué)習(xí)。但該說是幸福呢還是不幸呢，兩人都超積極！而且都是回頭率十分高的美少女。究竟這禁忌之戀能否實現(xiàn)呢？……啊不是！是能否考上高中呢！？當(dāng)初圭太雖表現(xiàn)得很討厭，但逐漸和雙胞胎姐姐亞香、理香的距離縮短了……在姐姐們各自的要求下，嘴唇曾幾次互相重疊。在不知不覺間已向禁斷的二等邊三角關(guān)系邁進(jìn)……

位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實施著超能力開發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學(xué)生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當(dāng)麻做過的那樣?？茖W(xué)與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進(jìn)?。?/p>