自2002年X檔案的六年后，前聯(lián)邦探員丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）調(diào)任某教會醫(yī)院擔任醫(yī)師，?？怂埂つ碌拢ù笮l(wèi)·杜楚尼 David Duchovny 飾）則過著隱居的生活，繼續(xù)著對超自然現(xiàn)象的關(guān)注。某天，F(xiàn)BI探員前來請求他們的幫助。原來一段時間內(nèi)，維吉尼亞州接連有數(shù)名女子神秘失蹤，其中甚至包括一名聯(lián)邦探員。由于神父約瑟夫（Billy Connolly 飾）聲稱看到了犯罪畫面，因此FBI希望對超自然案件有著豐富經(jīng)驗的穆德和斯科莉協(xié)助調(diào)查。然而隨著調(diào)查的深入，穆德和斯科莉卻發(fā)現(xiàn)案件的黑暗遠遠超出他們的想象。這對合作多年的搭檔面臨著巨大的考驗…… 　　本片為同名美劇的第二部劇場版。

宦官劉瑾禍國殃民，殘害忠良，他處死兵諫的安化王，又恐其孫朱鼎才告御狀；于是不斷派殺手，想斬草除根，回回鎩羽而歸。千戶長金獅靈機一動，從東瀛請來五行忍者，再次展開誅殺行動！最終仍邪不勝正。

明朝正德年間，安化王因兵諫武宗失敗遇害后，其孫朱鼎才懷揣他們所留下的血檄文，不惜冒險前往京城，以‘舍身套狼’的妙計，順利鏟除劉瑾，被皇上御賜‘神勇小欽差’代己巡狩天下，查探民間的疾苦，為百姓伸張正義。

國際安全局的王尚恩（安志杰 飾）率萬飛（周杰倫 飾）等部下遠赴約旦，押送制造天花病毒變體的科學家肯納，豈料王尚恩叛變將肯納劫走，萬飛頭部受重傷，他同隊中的心上人也在這次任務(wù)中身亡。三個月后，王尚恩等人研制的病毒造成一艘貨船上的人們盡數(shù)死亡，而他此時準備販賣疫苗謀取暴利；萬飛在醫(yī)院中被告知頭部的子彈無法取出，神經(jīng)受損導致他兩周后會有生命危險，萬母向其透露他有一個失散多年的哥哥。為了完成母親心愿，萬飛前往吉隆坡尋找哥哥萬陽（謝霆鋒 飾）。飛機上與萬飛同行的簡博士恰巧是王尚恩一伙準備用來替換肯納的病毒專家，簡博士被王尚恩派出的萬陽劫持，萬飛出手相救。因為分屬不同陣營，兄弟只得拳腳相見……

阿里是一位蘇格蘭場（指英國首都倫敦警務(wù)處總部）的警察，他出生于巴基斯坦的拉合爾，之后娶了一個英國女人，并育有兩個孩子。在2005年7月倫敦連環(huán)爆炸案發(fā)生后，阿里奉命去調(diào)查一個相關(guān)的嫌疑犯，工作進展的很不順利，同時身為穆斯林的他，盡管已經(jīng)在蘇格蘭場工作多年，但是由于爆炸案，也受到了同事們異樣的注視。雖然最后事情水落石出，但是期間受到的歧視與人們對爆炸案的恐懼，還是讓他久久難以釋懷。

徐冰是酒店主廚。因單身性情冷漠，常被后廚一幫年輕小伙猜測和議論。但這并不影響徐冰在后廚、乃至整個酒店的地位和威望。可徐冰平靜的生活被一個朋友的兒子冬冬打亂了。 　　冬冬是徐冰情敵的兒子。冬冬媽不久前死于車禍，爸爸遠在捷克，冬冬因流浪街頭被警察送來后，徐冰不得不管。這時，酒店經(jīng)理新請來一名廚師時慧寶。時慧寶特別喜歡孩子，沒幾天工夫就跟被徐冰帶到后廚的冬冬親如爺倆。帶冬冬一塊玩的日子里，徐冰分明感覺到時慧寶的愛情攻勢，徐冰塵封的愛情閘門似開似合。但徐冰因時慧寶跟后廚伙計的玩笑，憤而辭職。 　　其實結(jié)婚后，冬冬的媽媽一直覺得對不起徐冰，直到半年前查出肝癌晚期，冬冬媽堅持要來看望徐冰，求得徐冰的原諒，結(jié)果在半路死于車禍。終于，在得意弟子素素結(jié)婚的那天晚上，走出愛情陰影的徐冰終于投入時慧寶的懷抱……