扎克是一名十幾歲的男孩，他戴著父親的一條項(xiàng)鏈去沖浪，不料被巨浪卷入海中，最后奇跡般被一艘海盜船救起，來到了百慕大三角，海盜船上有一把會(huì)說話的神奇寶劍。扎克發(fā)現(xiàn)父親的項(xiàng)鏈叫做貝魯之眼的神奇寶石，可以賦予他強(qiáng)大的力量，想要回家，就要變成海盜船船長(zhǎng)征服七大洋。為此扎克組建了一支團(tuán)隊(duì)：一個(gè)鬼男孩，一位亞特蘭蒂斯公主，一個(gè)維京人還有一個(gè)外星人，他將面臨的是激烈的海上冒險(xiǎn)和意想不到的挑戰(zhàn)，從中讓自己變得更強(qiáng)大。

龍墟界域，廣袤無垠，宗門林立。羽神宗獨(dú)占東方一隅，傳承了無盡歲月，強(qiáng)者無數(shù)，難以撼動(dòng)。門中設(shè)有天靈院，搜羅各處的天才少年加以培養(yǎng)，為宗門不斷輸送掌握妖獸力量的妖靈師。少年聶離，由羽神宗外門執(zhí)事引薦，前往天靈院修行。在天靈院，聶離與神秘少女應(yīng)月茹相遇。少女掌握了能夠演算天機(jī)的天衍禁術(shù)，預(yù)感到羽神宗將會(huì)在各大家族的爭(zhēng)權(quán)之中走向分崩離析的結(jié)局，而懷有赤子之心的聶離就是唯一能阻止這一切的天選之人。兩人因此成為師徒，聶離必須在應(yīng)月茹的指點(diǎn)下一步步登上羽神宗宗主之位。

這是一個(gè)魔法少女的存在獲得了認(rèn)可的世界。一款名為《魔法少女育成計(jì)劃》的游戲能夠萬里挑一制造出真正的魔法少女，而等待著這些幸運(yùn)女孩們的，將會(huì)是萬人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，運(yùn)營(yíng)方忽然宣布要將魔法少女的數(shù)量削減一半，而方法，竟然是讓現(xiàn)存的魔法少女進(jìn)行殘酷的競(jìng)賽。天真善良的少女白雪（東山奈央 配音）、外冷內(nèi)熱的忍者波紋（沼倉(cāng)愛美 配音）、背負(fù)著巨劍的圣少女（佐倉(cāng)綾音 配音）、騎著掃帚大大咧咧的最高速（內(nèi)山夕實(shí) 配音）、百發(fā)百中的神槍手災(zāi)厄瑪麗（井上喜久子 配音），在這些被吉祥物法布（間宮胡桃 配音）選中的魔法少女們之間，一場(chǎng)大戰(zhàn)即將拉開序幕。

　　"　　魔界樹篇
　　自和黑暗帝國(guó)一戰(zhàn)后，本應(yīng)已死的月野兔、水野亞美、火野麗、木野真琴、愛野美奈子和地場(chǎng)衛(wèi)，在銀水晶的幫助下復(fù)活，不過他們已經(jīng)喪失過去作戰(zhàn)時(shí)的記憶，重新開始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出現(xiàn)在十番街，外星人巖和安帶著魔界樹來到地球，并以兄妹銀河星十郎、銀河夏美的身份入讀十番中學(xué)。巖和安的生命之源魔界樹正日漸枯萎，他們于是派手下卡魔人四處收集能量。巖和安本是情侶，但卻分別愛上小兔和阿衛(wèi)，使四人的關(guān)系變得復(fù)雜。因?yàn)榭说某霈F(xiàn)，小兔首先被露娜喚醒記憶，再次成為愛與正義的戰(zhàn)士，保衛(wèi)地球。小兔不想讓其它人再度作戰(zhàn)，努力想靠自己一人之力戰(zhàn)斗。一次亞美等人受襲，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢復(fù)了四戰(zhàn)士的記憶，于是美少女戰(zhàn)士再度集合，為愛與正義而戰(zhàn)。雖然水手服戰(zhàn)士的記憶是回復(fù)了，但阿衛(wèi)仍未回復(fù)記憶，小兔于是出盡方法令阿衛(wèi)記起她?，F(xiàn)在戰(zhàn)斗時(shí)已沒有了夜禮服假面的幫忙，卻出現(xiàn)了一個(gè)神秘人月影騎士，也經(jīng)常幫助水手服戰(zhàn)士。小兔的胸針被卡魔人打碎后，又把銀水晶鑲進(jìn)去，獲得了更強(qiáng)的月水晶威力。魔界樹快要枯死了，安發(fā)現(xiàn)它對(duì)小兔的能量有反應(yīng)，于是命卡魔人把小兔捉住，獻(xiàn)給魔界樹，使它吸收小兔的能量。小衛(wèi)巧合地和小兔同被魔界樹捉住，魔界樹吸收他們的能量后，開始急速膨脹，它的樹枝把整幢大廈包圍了，四位戰(zhàn)士也來到，要救小兔和阿衛(wèi)。小兔和阿衛(wèi)互相關(guān)心對(duì)方，巖和安妒忌他們的親密，攻擊二人……
　　黑月帝國(guó)篇
　　神秘少女小小兔從天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，從此寄住月野家。小衛(wèi)突然要和小兔分手，小兔大為緊張，用盡方法只想再和小衛(wèi)在一起。小小兔的目的原來是要找尋銀水晶，救她的媽媽。她同時(shí)又被神秘的黑月帝國(guó)一族追殺，她每次被逼到無路可逃時(shí)，都會(huì)發(fā)出強(qiáng)大的能量，戰(zhàn)士們于是能夠朝能量發(fā)出的方向去救她。五位戰(zhàn)士再度掌握新必殺技，對(duì)抗敵人。敵人中的魔界四姐妹，分別也擁有和四戰(zhàn)士相似的力量，常常和戰(zhàn)士們激戰(zhàn)。四姐妹開始對(duì)黑月帝國(guó)的做事方法產(chǎn)生疑惑，加上她們的上司宇伯魯斯對(duì)待她們的殘酷手段，終于令她們改邪歸正，在戰(zhàn)士們的幫助下，重獲新生。神秘新戰(zhàn)士水手冥王星登場(chǎng)，使戰(zhàn)士們對(duì)小小兔有更深的認(rèn)識(shí)。經(jīng)過一番波折，阿衛(wèi)終于擺脫心魔，再度和小兔在一起。輸送黑暗能量的暗黑之門完成，小小兔也帶著眾戰(zhàn)士穿越時(shí)空，到達(dá)未來的水晶東京。在那里，戰(zhàn)士們知道了黑月帝國(guó)的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿衛(wèi)的女兒。小小兔獨(dú)自走出水晶宮殿，被黑月帝國(guó)的瓦斯曼迷惑，錯(cuò)信父母和其它戰(zhàn)士都不愛她，于是接受黑暗能量，變成黑暗淑女。黑月帝國(guó)狄曼特王子和沙菲爾王子被瓦斯曼殺死，瓦斯曼的野心完全暴露出來。在瓦斯曼的迷惑和戰(zhàn)士們的真愛下，小小兔的思緒開始極度混亂，瓦斯曼見她動(dòng)搖，把她和小兔、阿衛(wèi)用黑暗力量包圍起來，三人處境危險(xiǎn)，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿衛(wèi)用自己全部的力量不惜生命要喚醒小小兔，小小兔最終回憶起大家的好，恢復(fù)了原樣，并決定為這個(gè)世界和未來的世界盡自己的努力。最終兩個(gè)兔子用現(xiàn)在和未來的兩顆銀水晶打敗瓦斯曼拯救了地球。最終世界和平，小小兔也回到了恢復(fù)正常的未來世界。"

　　在“香蘭堂”古董店打工的美術(shù)院學(xué)生倉(cāng)橋永莉，被古老雕花玻璃杯中映出的金發(fā)碧眼的可愛少女吸引，秘密地享受著與這非人幻象邂逅的愉悅。香蘭堂位于善導(dǎo)寺商店街地中心，那里出入的都是年輕美麗的女性，然而倉(cāng)橋卻沒有任何興趣，只是迷戀著玻璃杯中的少女。
　　第七天的夜里，在雕花玻璃杯里，永莉看見了自己將少女殺害的幻象。
　　然后，從玻璃杯中溢出鮮血，少女的幻象實(shí)體化，迫使永莉定下契約。這個(gè)名叫“柯婕特”的少女，要求永莉救出自己在“被詛咒器皿”中徘徊的靈魂。“喝下去，如果不想分離……如果不想失去我”，永莉被柯婕特強(qiáng)迫，喝下玻璃杯中鮮血定下“血之契約”。
　　過了一夜，醒來的永莉已經(jīng)不能再看到玻璃杯中的柯婕特的身影，于是把這一切當(dāng)作是夢(mèng)，重新振作，將玻璃杯賣給了暴發(fā)戶的富豪。然而，去富豪家中交貨時(shí)，在那里永莉看見了實(shí)體化的柯婕特?；氐郊抑?，永莉抑止不住想見柯婕特的心情，再次來到富豪的家中，然而在那里的是已變成尸體的富豪及其情人......
　　目擊柯婕特臨死狀態(tài)的“被詛咒器皿”中的玻璃杯，吸取了富豪他們的鮮血，殺死了他們。之后，這個(gè)玻璃杯的怨念附在永莉身上，想要奪其性命......

故事的舞臺(tái)是互聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)發(fā)達(dá)的都市「DEN CITY」。在那里有經(jīng)由巨型企業(yè)「SOL技術(shù)社」通過高度的網(wǎng)絡(luò)技術(shù)構(gòu)筑而成的被稱為「LINK VRAINS」的VR空間。人們都在那個(gè)VR空間中為體驗(yàn)到全新的決斗而狂熱?？墒窃凇窵INK VRAINS」中卻出現(xiàn)了利用決斗來進(jìn)行黑客行為的謎之黑客集團(tuán)「海諾因騎士團(tuán)」。而他們的目標(biāo)是將存在于互聯(lián)網(wǎng)的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅。然而在世界受到這樣的威脅時(shí)，有一名決斗者站了出來。而他的名字正是「Playmaker」。在那場(chǎng)傳奇的戰(zhàn)斗中，「Playmaker」使用壓倒性的決斗將「海諾因騎士團(tuán)」打倒，成功捕獲了「SOL技術(shù)社」和「海諾因騎士團(tuán)」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后卻突然消聲匿跡了，而他的名字就在互聯(lián)網(wǎng)的世界中一瞬間變得聲名遠(yuǎn)播，成為了傳說。而現(xiàn)在，作為「Playmaker」的正體的某位高中生藤木游作，為了尋找過去發(fā)生的某件事件的真相，對(duì)再次在「VRAINS」出現(xiàn)的「海諾因騎士團(tuán)」展開了追擊...... 以此為契機(jī)，命運(yùn)的齒輪就此轉(zhuǎn)動(dòng)……迷之AI的真身，「海諾因騎士團(tuán)」盯上「Link Vrains」的目的，以及隱藏在游作過去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中