在那不久的未來，東京灣內(nèi)突然墜落了一艘宇宙飛船，發(fā)現(xiàn)飛船中乘坐著150名外星人。.....1年之后，日本政府為那些無法返回故鄉(xiāng)星球的宇宙人們頒發(fā)市民權(quán)。并以“親愛的朋友們”為名，將他們稱呼為“DearS”。DearS們?yōu)榱藢W(xué)習(xí)日本的語言和日本的風(fēng)俗，采取了“借宿”制度（住在他人家里）。就這樣DearS們伴隨著他們的美貌一起漸漸被世人所接受....就在這個時候，因一起事故的關(guān)系，DearS本部運算的一位少女從貨物卡車上掉了出來，隨后又被一個普通高中生 幾原武哉 給發(fā)現(xiàn)...之后被帶回了 武哉 了家， 武哉 給 這位少女啟名為“蓮” 驚人的是 蓮 1個晚上就學(xué)會了日文，最出乎意料的是她一見到 武哉 就叫他“主人”.....就這樣兩個人開始了異星間交際，而 蓮 平時都笨笨的關(guān)系，隨著周圍的人越來越多，總是引起一次又一次的騷亂，并給 武哉 添麻煩........

　　明日島雖然鼓勵創(chuàng)新，但新技術(shù)存在著很高的風(fēng)險，同時明日島也面臨著很多自然災(zāi)害。面對各種危機，由代表科學(xué)（S）的賽拉斯、技術(shù)（T）的甜甜、工程（E）的愛迪、藝術(shù)（A）的阿力、數(shù)學(xué)（M）的曼妮莎和運動（?。┑男〗鸾M成的超學(xué)先鋒就會挺身而出，趕往救援的第一線。在塞拉斯的指揮下，隊員們分工合作，利用各種科學(xué)知識解決各種麻煩。在處理危機的過程中，隊員們可能會產(chǎn)生觀點和行動上的分歧，但最后大家總能堅持團結(jié)合作精神，并找到解決問題的最佳方案。而人工智能百變校巴作為超學(xué)先鋒的重要成員，也會變身各種工程車，助力救援行動。

　　1999年，由于數(shù)碼世界資料異常增生，導(dǎo)致數(shù)碼世界和現(xiàn)實世界的連接發(fā)生紊亂。地球上相應(yīng)地出現(xiàn)奇怪的自然現(xiàn)象：東南亞沒有下雨，池塘全部干涸；中東卻因為連場大雨發(fā)生洪水；美國則遇到有史以來最寒冷的冬天。
　　11歲的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（風(fēng)間勇刀 配音）、武之內(nèi)空（水谷優(yōu)子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田愛 配音）、城戶丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起參加了夏令營，一次意外卻被神秘地送到了一個多彩的數(shù)碼世界。在那里，他們得到了叫做“數(shù)碼寶貝”的搭檔。進入數(shù)碼世界后，八神太一一行人遇到了兇惡的怪獸貝殼獸，眼看大家都要被抓住的時候，太一的亞古獸忽然進化成為暴龍獸，拯救了他們。進化到底是怎么回事情？數(shù)碼世界究竟是什么？無數(shù)的謎團出現(xiàn)在被召選的小朋友們面前，精彩的冒險就這樣開始了……