四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中學(xué)三年級(jí)的男生，在班上友助屬于默默無(wú)聞的那類(lèi)學(xué)生，他既不喜歡結(jié)交朋友，在課業(yè)上也平平無(wú)奇，總是獨(dú)來(lái)獨(dú)往。一天放學(xué)后，友助在意外中穿越到了異世界，讓友助震驚的是，他在這里竟然遇見(jiàn)了同班同學(xué)新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎紅末（和氣杏未 配音），她們一個(gè)是班級(jí)里人氣極高的美少女，另一個(gè)則體弱多病，總是在病假中。然而，在這個(gè)世界里，他們?nèi)耸遣⒓缱鲬?zhàn)的伙伴。

　　曾經(jīng)，來(lái)自海洋的神秘?cái)橙恕叭伞毕蛉祟?lèi)發(fā)起了猛烈的進(jìn)攻，“碧藍(lán)航線”的少女們憑借著她們鋼鐵般的意志與敵人奮勇作戰(zhàn)，最終擊敗了對(duì)手，守護(hù)了人類(lèi)。然而，隨著時(shí)間的流逝，碧藍(lán)航線內(nèi)部因?yàn)槔砟畹牟町愔饾u產(chǎn)生分化，衍生出了名為“赤色中軸”大的對(duì)立陣營(yíng)。
　　被稱(chēng)為“灰色的幽靈”的最強(qiáng)英雄企業(yè)（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但關(guān)鍵時(shí)刻意外的頂用的拉菲（長(zhǎng)繩麻理亞 配音）、雖然年紀(jì)不大但成熟體貼的大黃蜂（山本希望 配音），個(gè)性好強(qiáng)但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面對(duì)動(dòng)蕩的時(shí)局，當(dāng)這些少女們?cè)僖淮伪煌粕蠎?zhàn)場(chǎng)，會(huì)發(fā)生怎樣的故事呢？

　　女?huà)z娘娘為了造福人間，創(chuàng)造出了能夠幫助人類(lèi)的神獸，哪知道邪惡而又貪婪的元始天魔利用了善良的神獸，將它們污染變?yōu)榱藲埍┑哪ЙF，驅(qū)使它們禍害人間，企圖就此成為統(tǒng)治世界的霸主。
　　問(wèn)天（馬小冀 配音）是南宮城城主的兒子，一次偶然之中，他得到了神獸天晶獸（王凱 配音），讓問(wèn)天沒(méi)有想到的是，天晶獸竟然幻化成為了神兵，擁有著足以打敗魔獸的強(qiáng)大力量。與此同時(shí)，問(wèn)天的妹妹問(wèn)雅（劉旭瑩 配音）從母親的血脈里遺傳了凈化之力，能夠凈化遭到黑暗力量侵蝕的神獸，在兄妹兩人無(wú)間的配合之下，正義的勢(shì)力逐漸的壯大起來(lái)。元始天魔眼看陰謀無(wú)法得逞，于是召喚出了更加強(qiáng)大的敵人玄天邪帝。

主角陸州穿越到異世大陸成為一個(gè)被圍攻的大魔頭，他有九個(gè)徒弟，個(gè)個(gè)都不是善茬，同時(shí)還遭遇各大門(mén)派圍攻主角門(mén)派的危機(jī)，好在系統(tǒng)金手指及時(shí)出現(xiàn)幫他渡過(guò)難關(guān)，之后便開(kāi)啟了他的裝逼之路。 陸州一覺(jué)醒來(lái)成了世間最強(qiáng)大最老的魔頭祖師爺姬天道，他的九個(gè)徒弟威震天下且惡貫滿盈，如大徒弟幽冥教教主手下萬(wàn)千魔眾，二徒弟劍魔一言不合就開(kāi)殺戒。主角雖掌握無(wú)敵的修為，但調(diào)教這些惡徒是一大難題。 大徒弟于正海自負(fù)地認(rèn)為自己最強(qiáng)，不愿接受指導(dǎo)，陸州便以身作則，讓他明白團(tuán)隊(duì)合作的重要性，通過(guò)共同面對(duì)挑戰(zhàn)使他逐漸接受指導(dǎo)并學(xué)會(huì)團(tuán)隊(duì)合作與尊重他人意見(jiàn)；二徒弟劍魔不受控制、攻擊性強(qiáng)，陸州安排他參與團(tuán)隊(duì)活動(dòng)，教導(dǎo)他控制情緒，使他學(xué)會(huì)與他人和平共處；七徒弟司無(wú)涯過(guò)度依賴(lài)師父，陸州鼓勵(lì)他參與挑戰(zhàn)，給予更多責(zé)任，讓他逐漸獨(dú)立，明白自己的能力價(jià)值并為團(tuán)隊(duì)做出貢獻(xiàn)。在陸州的精心調(diào)教下，部分徒弟逐漸改變態(tài)度和行為，陸州也從調(diào)教徒弟的過(guò)程中獲得成長(zhǎng)和滿足感。

　　故事以前作《科學(xué)小飛俠Crowds》的后續(xù)劇情展開(kāi)。距離“立川事件”已經(jīng)過(guò)了一年，當(dāng)初貝爾庫(kù)·卡切賦予爾乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推廣之下已在人類(lèi)社會(huì)當(dāng)中廣泛普及。然而仍然存在著對(duì)此感到不滿的人們，此時(shí)菅山遭到不明人士的襲擊，GATCHAMAN的全新戰(zhàn)斗就此揭開(kāi)序幕。